怀孕三个月同房后流血，可能的原因包括先兆流产、宫颈息肉或阴道黏膜损伤等。1.先兆流产：由于前列腺素引发的子宫收缩，刺激原本不稳定的胚胎，从子宫内膜接触面开始剥离，从而出现先兆流产症状，引起宫腔内出血。2.宫颈息肉：慢性炎症长期刺激宫颈管局部黏膜增生，增生的黏膜逐渐自基底部向宫颈外口突出，形成息肉，怀孕初期同房时接触性出血。3.阴道黏膜损伤：怀孕时，由于同房强度过大，次数过于频繁，导致阴道组织黏膜损伤，从而出现阴道出血。患者应及时去医院就诊，在医生诊断下确定病情原因，根据不同情况采取合适的治疗方式进行治疗。